微生物是引发慢性牙周炎的始动因子，堆积在龈牙结合部的牙面和龈沟内的菌斑微生物及其产物引发牙龈的炎症和肿胀，使局部微生态环境更有利于一些在厌氧条件下生长的革兰阴性牙周致病菌滋生，形成致病性很强的生物膜，由龈上向龈下扩展，并扩大到深部牙周组织，凡是能加重菌斑滞留的因素，如牙石、不良修复体、食物嵌塞、牙排列不齐、解剖形态异常等，均可成为牙周病的局部促进因素，加重和加速牙周炎的进展。宿主对微生物的应答反应是决定牙周炎发生与否，以及病情轻重、范围大小、发展速度等的必要因素。某些全身性疾病如糖尿病等也对牙周炎有负面影响。此外，环境和行为因素，如吸烟、精神压力等也可能是危险因素。
侵袭性牙周炎是一组在临床表现和实验室检查均与慢性牙周炎有明显区别的牙周炎，按其患牙的分布可分为局限型和广泛型，常表现为家族聚集性。特定微生物，主要是伴放线放线杆菌的感染，以及机体防御能力缺陷（如白组织功能缺陷、牙骨质发育异常等）是引起侵袭性牙周炎的两方面主要因素。
反映全身疾病的牙周炎主要有几类，分别是血液疾病，遗传性疾病，糖尿病及艾滋病等。血液疾病包括血中白组织异常，白血病等。白组织异常是导致牙周炎发生的一个重要原因，包括白组织减少症和白组织功能缺陷。白组织减少的原因可能是骨髓干组织发育异常，骨髓分化出白组织后释放的数量减少，进入血液循环的白组织比例失常和白组织在血液中生存的时间缩短，这些都会导致白组织数量的减少。正常人血中的白组织数为4000-10000个，低于四千时，机体对细菌的抵抗力就会降低，容易发生严重感染。白组织功能缺陷是指白组织数量是正常的，但杀死细菌的能力下降，也会导致牙周炎的发生。
白血病是血液系统的恶性肿瘤，治疗不及时会危及生命。各种类型的白血病都可能出现口腔里的表现，其中急性非淋巴组织白血病较常见。白血病好发在牙龈上，很多患者是因为牙龈肿胀，出血不止先来口腔科就诊，经过口腔科医生的检查诊断患有白血病，从而得到了相对早期的治疗。有文献报告，北京某医院血液科收治的急性白血病儿童中，较先表现在口腔中的超过了10%。白血病的病因现在并不明确，但是很多因素都可能和白血病的发病有关，如病毒、遗传、放射线、化学毒物和药物等。白血病为什么会引起牙龈肿胀呢？白血病患者血液中的白组织并未发育成熟，有大量的幼稚白组织，它们在牙龈里大量聚集，导致了牙龈的肿胀，且极易出血。白血病在全身和口腔里表现主要有以下几项：1.患者年龄较轻，大多为儿童和青年。发病通常较急，表现为全身乏力，有不同程度的发热和贫血，口腔里或者皮肤下有自发出血，不易止住；2.牙龈明显肿大，整个牙龈外形不规则，颜色有的暗红，有的发白；3.有的牙龈会出现溃疡，并且会有疼痛；4.由于牙龈肿胀，口腔里出血，患者不敢刷牙，口腔卫生差，会出现口臭，牙齿也可能出现松动；5.局部（如颈部）及全身淋巴结可能出现肿大。
掌跖角化-牙周破坏综合征是一种遗传性的疾病，特点是手掌和脚掌部位的皮肤角化明显，并出现脱屑，同时牙周有严重破坏，但一般没有明显的全身疾病。本病罕见，一百万人中会有一至四个人发病。发病时间早，常在4岁前就出现皮肤及牙周的病变，但孩子的智力和身体发育是正常的。手掌、脚掌、膝盖和胳膊肘部处的皮肤会出现角化过度和裂口，并有白色碎屑，皮肤出汗多并有臭味。牙周组织的破坏从乳牙列就已经开始了，出现刷牙出血，深牙周袋，牙龈溢脓，牙齿松动严重，并伴有口臭。大约在5-6岁时乳牙就相继脱落，等到恒牙萌出后也相继出现牙周炎症较终松动脱落。该病病因包括微生物和遗传因素两部分。从该病患者的牙周袋内取龈下菌斑做培养，发现菌群类似成人慢性牙周炎，在接近根尖区域发现有大量的螺旋体，螺旋体与牙周组织的破坏关系较大。本病属于常染色体隐性遗传，即父母可能都不患病，但必须都携带常染色体基因才能使其子女患病，子女中男女患病几率均等。
唐氏综合症又名先天愚型或染色体21-三体综合征，为一种染色体异常引起的先天性疾病。患儿身体发育迟缓，智力低下，面部发育有异常，表现为面部扁平，眶距增宽，鼻梁低宽，颈部短粗。几乎100%患者有严重的牙周炎，表现为牙龈红肿，深牙周袋，牙齿松动，有时可有牙龈退缩。乳牙和恒牙都可能发病。唐氏综合症患者牙周发病的原因可能与细菌及中性粒组织趋化功能低下有关。
糖尿病是大家所熟知的一种常见病、慢性病，可通过多种途径造成身体多个器官的病变。近年来，通过大量的科学研究，证实糖尿病（包括1型和2型）是牙周病的一个重要危险因素，当血糖水平较高的时候，已有的牙周炎症会加重，可能会出现口腔内多处溢脓。反过来，牙周病也会影响内分泌代谢，从而影响血糖的控制，并且会增加发生糖尿病并发症（如心脏病，脑病，肾病等）的危险。经过有效的牙周治疗后，牙周炎症得到减轻，血糖控制也得到改善。其实糖尿病本身并不引起牙周炎，而是糖尿病本身的病理变化会导致牙周炎的加重。患有糖尿病时，血管壁会增厚，血管腔变窄，炎症反应加重，中性粒组织功能低下，胶原合成减少，创伤愈合查，口腔菌群改变为牙周致病菌增多，因而使牙周破坏加重、加速。
艾滋病的全称为获得性免疫缺陷综合征，是一种严重的危及生命的传染病，发病率正逐年提高。在感染人类免疫缺陷病毒（HIV）后，临床上短期内可无表现，从感染到发病的潜伏期可持续十年乃至10年。感染HIV后，口腔内容易出现细菌感染。约有30%的艾滋病患者先在口腔内出现症状，在牙周组织的病变主要包括：1.线形牙龈红斑：即在靠近牙齿的牙龈边缘处出现一条颜色鲜红的，约2-3mm宽度的红边，与周围的牙龈形成明显的界限。红边处容易出血；2.坏死性溃疡性牙周病：具体表现可参考坏死性溃疡性牙周病的介绍，但艾滋病患者所发生的坏死性溃疡性牙周病比非艾滋病患者病情更重，发病更迅速。但需要注意的是，线形牙龈红斑和坏死性溃疡性牙周病也可以发生在正常的非艾滋病患者，或者其他免疫功能低下者，需要结合必要的化验检查。